对于有巧克力囊肿的女性，如果囊肿比较大，药物保守治疗效果不佳的情况下，就需要考虑要通过行手术将其摘除。
而巧克力囊肿的手术大概费用可能是在1万到1万2千元左右，同时还跟手术的类型以及手术的医院等级有一定关系，比如是进行开腹手术，将卵巢巧克力囊肿切除，这时的手术费用可能在6千到8千元左右。
如果是在三甲医院进行腹腔镜的微创手术，这时的手术费用通常都在1万元左右，而且在手术后建议尽量卧床休息半个月，同时为了避免复发，需要配合药物的调理。