任何手术都是存在风险的。腹腔脓肿的手术相对来说比较容易，可以采用开腹手术的方法，也可以采取微创手术治疗，术中找到脓肿的部位，利用手术器械清除脓肿，并放置引流管持续引流，可给予腹腔的冲洗。术后定期换药并观察引流管内引流液的性质、引流量的多少，一般2~3天就可以拔管。
如果脓肿较表浅，还可以直接于体表定位行穿刺抽脓治疗。但如果是发生在腹膜后的脓肿，由于位置比较深，需要打开后腹膜，手术相对来说比较复杂，创伤比较大，风险性也会相应的增加。