肛窦炎的主要治疗方法，首先就是改善不良的生活方式以及饮食习惯，在此基础上通过肛管直肠内的中药保留灌肠，以及配合痔疮膏和痔疮栓等药物，缓解肛窦炎所产生的症状，一般肛窦炎都能够恢复。如果一些病情比较严重的，还可以采用手术的方法进行治疗。
肛窦炎在发生之后，首先就是提倡患者多喝水，适当地增加含有膳食纤维成分高的食物，避免辛辣、刺激性的食物，同时要养成定时排大便的习惯，避免发生大便干燥，也避免出现腹泻。
另外，肛门的局部可以使用温水或者是中药制剂进行坐浴，同时配合保留灌肠以及药膏、药栓的塞入，对于效果不理想的、形成感染的，可以考虑手术治疗。