治疗肛裂的药物，有局部涂抹的药膏和熏洗的药物，口服的药物。
局部涂抹的药膏有红霉素软膏、莫匹罗星软膏、九华膏、马应龙痔疮膏等，这些药物可以起到消炎止痛、止血的作用，可以促进伤口的愈合；熏洗药物通常选择具有消炎作用的高锰酸钾，也可用清热解毒的黄柏汤、五倍子洗液局部熏洗坐浴；口服药物主要用于便秘顽固的这类患者，常用药物有麻仁丸、乳果糖口服液、番泻叶等。
肛裂患者除了应用上述的药物之外，平时的饮食也要调理，多吃膳食纤维丰富的蔬菜、水果，增加饮水量，保持大便软化通畅。