米诺环素的主要使用禁忌为对四环素类药物过敏需禁用本品。除此之外，还有一事项也要注意，比如有肝肾功能不全者，应慎用本品。如确需使用，应根据个体情况，用药剂量要低于常用剂量，并应监测血药浓度，定期检查肝肾功能。
有的患者在使用米诺环素期间，可出现中枢神经系统的副作用，如头晕昏沉、乏力或眩晕等，一般停药后可消失。但在用药期间要注意，不宜从事危险性高的工作，也不宜驾驶机动车。
米诺环素使用有可能会引起光敏性皮炎，用药期间还要注意避免日晒。