片仔癀在临床上观察没有明显的副作用，和患者的个人的体质的原因有关。
如果患者既往有严重的慢性胃病的病史，服用片仔癀以后，因为当中含有麝香，患者可能会出现胃肠道的刺激性反应，例如腹胀、食欲不振等症状。其次，月经期的女性服用片仔癀以后，导致月经血量增多，因为片仔癀当中含有一定量的三七片，具有活血化瘀的作用。
另外，片仔癀当中含有牛黄，如果患者近期出现胃肠道紊乱，可能会导致腹泻等不适的症状。建议应在医师的指导下服用药物，避免导致身体的不良反应。