男性免疫性不育很难治好，有部分患者在经过合理规范化的治疗后也能治愈，主要的治疗方法包括药物治疗、外科治疗。
免疫性不育的男性可以通过使用免疫抑制药或者激素类的药物，比如糖皮质激素，降低体内的抗体反应，但这些药物都具有一定的副作用，治疗周期不要太长。如果免疫性不育为输精管梗阻或输精管损伤等因素所导致，通过手术将输精管复通或者对损伤的部位进行修复，使血睾屏障完整。
如果免疫性不育不能治愈，应当考虑其它生育方式，比如人工受精。