囊性肾病没有特定的治疗方法，主要是控制血压和感染，延缓肾功能衰竭的进展。
肾功能不全患者的治疗与其他原因导致的慢性肾功能不全治疗相同，肾绞痛发作时可使用镇痛药，并发感染时应注意使用抗生素。常见的对症治疗措施包括：
第一，抗高血压治疗，在医生的指导下，ACEI或ARB药物可以用来控制血压。
第二，预防尿路感染和尿路结石，通常选择有效的抗生素进行抗感染治疗，主要目的是治疗复杂的急性肾盂肾炎，少数可用于预防性药物治疗。
第三，囊内出血的治疗，主要是通过卧床休息及适当使用止血药来控制出血。