月经褐色最好不要做阴超检查。一般在月经干净后做阴超检查，多是因为女性在月经没有干净的情况下阴道的自净能力比较差，做阴超检查时很容易导致妇科炎症。炎症上行感染后会增加患有子宫内膜炎、附件炎等几率。
月经为褐色说明月经还没有完全干净，宫颈口处于一种开放的状态，做阴道B超检查是很容易导致病原菌上行感染。所以，建议女性在月经干净后，进行阴道B超检查。
阴道B超要比经腹B超检查得更为准确，而且阴道B超不用憋尿。在进行阴道B超检查时一定要做好消毒工作，以免交叉感染。