生殖系统的感染无论是特异性的感染还是非特异性的感染，均可以影响精子的发生、精子的活力、精子的运输，抑制附属性腺的分泌引起精液分泌不足，可使精液的营养缺乏，酸碱度发生改变，精液成分发生改变或者是精液液化的因子不足，从而影响精子的生长环境，使精子死亡，从而造成男性不育。
生殖系统常见的炎症有睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎以及尿道炎等，造成感染的病原体多有淋菌、结核菌、病毒、支原体、衣原体、滴虫以及其他的非特异性致病菌。