巧克力囊肿怀孕后也并不会消失。只是相对症状会缓解，巧克力囊肿可能会相对地缩小。
因为怀孕之后没有月经来潮，体内的孕激素水平明显升高，就会抑制子宫内膜的生长，卵巢内就不会出血，所以巧克力囊肿就不会增大，但是也并不会消失。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢上周期性出血而形成，所以如果通过药物治疗，也就是采用假孕疗法，通过抑制子宫内膜的生长缓解症状。
如果巧克力囊肿比较小，小于5cm以下，有些可以先怀孕，怀孕过程中巧克力囊肿不会增大。但是如果巧克力囊肿比较大，又有生育要求，大多数还是建议先手术。因为巧克力囊肿，有可能会导致不孕不育。