面肌痉挛需要与面瘫后遗症、特发性眼睑痉挛等疾病进行鉴别诊断。面肌痉挛是一种面部肌肉出现痉挛症状的疾病，起病多数是从眼轮匝肌开始，表现为眼睑的跳动，然后逐步涉及整个面部。
而面瘫后遗症以往多有明显的面瘫病史，由于面瘫恢复不全从而发生面肌抽搐，还会遗留有不同程度的面肌无力和麻痹的现象。
另外，特发性眼睑痉挛主要表现为双侧眼睑肌肉痉挛，常常会伴有精神障碍，肌电图可以显示面肌有不同步的放电，而面肌痉挛起病也多数是从眼轮匝肌开始，表现为眼睑的跳动，所以要进行鉴别诊断。