结肠镜检查后肚子疼，有可能是检查时器械刺激或者损伤肠壁黏膜引起的。
当怀疑患有肠道的恶性肿瘤、息肉以及炎症性疾病时，需要行结肠镜检查来进行明确诊断。检查前患者需要服用泻药排空肠道，以免肠内容物阻碍视线，影响诊断的准确性。
检查时将连有镜头的管道通过肛门深入到全部的结直肠，整个过程中可能会对肠道产生刺激及损伤。因此，行肠镜检查后，部分患者可能会有腹痛的情况，此时一般不需要特殊处理，上述症状通常也很快便可消失。