扁平疣涂的药物可以选择重组人干扰素凝胶，也可以选择使用维A酸乳膏或者是抗HPV生物蛋白敷料等。
扁平疣这种疾病是病毒感染导致的皮肤异常增生，所以选择涂抹抗病毒类的药膏是有意义的。比如重组人干扰素凝胶或者是抗HPV生物蛋白敷料，这类的药物涂抹之后，能够阻止病毒的代谢，从而使局部出现的扁平疣逐渐消退。
而涂抹维A酸乳膏则可以抑制皮肤表面的增殖，使已经形成的疣体逐渐淡化，从而达到治疗的效果。