对于下消化道症状原因不明的、肠道炎症性疾病的诊断、肠道肿瘤的诊断、癌前病变的筛查、息肉的摘除止血等，都可以进行肠镜检查。所以肠镜主要是针对肠管内的病变。
而肛裂位于肛管下端，接近于肛门皮肤，肠镜操作起来不如肛门镜方便。所以即使肠镜可以检查出肛裂，也不建议使用。因肛门镜直径较粗，会导致新鲜肛裂加重。陈旧性肛裂疼痛剧烈，所以也不建议用肛门镜检查。
肛裂比较接近肛门口，用手将肛门皮肤扒开，即可看见裂口。肛门指诊也可以摸到裂损，从而确诊肛裂。而且视诊和触诊对肛门的损伤小，所以推荐使用上述方法进行检查。