因为男性尿道里面隐隐作痛的常见原因是尿道炎，所以临床常用于治疗这种情况的药物有止痛药和消炎药等。
1.止痛药。如布洛芬、对乙酰氨基酚片等。
2.针对不同病因引起的尿道隐痛，可以用不同消炎药治疗。
（1）细菌感染。若是细菌感染，建议口服抗细菌感染药，如阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯胶囊和阿奇霉素缓释片等。
（2）真菌感染。如果是真菌感染导致的尿道炎，需要口服伊曲康唑胶囊、泊沙康唑肠溶片之类的抗真菌感染药。
（3）病毒感染。若是病毒感染引起尿道炎，口服阿昔洛韦分散片、泛昔洛韦颗粒等抗病毒药物都有不错的疗效。