得了扁平疣，主要是应用药物进行治疗，同时配合物理治疗。
药物治疗主要是应用含有水杨酸的药物，因为水杨酸属于典型的角质剥脱剂，能够起到消炎、杀菌、去角质的作用。也可应用咪喹莫特乳膏，有利于对细胞因子进行诱导，抑制病毒复制，缓解临床症状。还可应用维A酸软膏，有利于抑制皮脂腺分泌，促进上皮细胞产生增生和分化，可辅助治疗扁平疣。
物理治疗，主要包括激光治疗、液氮冷冻以及自体埋植等。但对于面部扁平疣则不建议应用物理治疗方法，不然可能会形成瘢痕或色斑，影响外在形象。