男性生殖器畸形在临床上主要通过手术进行治疗，男性生殖器畸形属于先天性畸形，在临床上只要发现生殖器有畸形，治疗的唯一方法是通过手术矫正。
生殖器畸形的发病原因目前不是特别清楚，可能是由于胚胎时期基因染色体异常有关，生殖器畸形有很多种类型，由于年龄不同、生殖器畸形的种类不同，在治疗上也有一定的不同。
无论是男性还是女性出现生殖器畸形，要及时到医院就诊，随着现代医疗技术提高，早期通过手术进行纠正，多数患者都可以恢复到正常状态。