大部分先天性心脏病不是遗传性的疾病。因为先天性心脏病的发病原因目前尚不确切，现有的流行病学研究显示，先天性心脏病的发病可能和孕妇妊娠早期的病毒感染以及药物使用，或者某些理化因素影响有关系。
此外，近亲结婚以及高龄产妇都有可能增加先天性心脏病的发病率，而这些因素都和遗传没有明确的关系。
先天性心脏病的种类多，通过及时的产前检查以及产前筛查可以早期准确发现这种先天性心脏病。早期发现及时的手术治疗，可以有效地预防部分严重的先天性心脏病引起心力衰竭以及猝死现象的发生。