如果患者的肠道功能失调，或者机体营养不良的情况下，小袋纤毛虫进入到人体的肠道之后，就会进行大量繁殖，患者感染了小袋纤毛虫之后，常见的临床症状有身体乏力、恶心、发热、腹痛、严重的腹泻、脱水等。
本病常见的并发症有：急性腹膜炎，患者早期会出现压痛、反跳痛、肌紧张，随着病情发展，会出现全身感染中毒的症状。并发症还有就是阑尾炎，往往是由于没有及时的进行诊断以及治疗，导致阑尾形成了炎性改变。
另外并发症还有肠穿孔，肠穿孔是由于多种原因导致的肠管病变，并且穿透了肠管壁，使肠内溶物流出并且溢满了整个腹膜腔，严重的患者还会出现休克，甚至死亡。