心肌炎导致发烧时，如果体温没有超过38.5摄氏度，可以采用物理降温的方法，对症治疗。比如用温水或者酒精浸泡的毛巾擦拭额头、腋窝、腹股沟等部位，增加散热，从而达到降温的目的。
同时，让心肌炎患者多饮水，增加血容量，增加代谢，也会降低体温。如果体温超过38.5摄氏度，可以口服退热的药物，比如布洛芬颗粒、阿司匹林、乙酰氨基酚等非甾体抗炎药。
还可以服用抗生素，比如青霉素、阿莫西林、头孢、左氧氟沙星等。如果口服药物效果欠佳，可以使用静脉制剂。