细粒棘球蚴病的首选药物包括阿苯达唑、甲苯达唑，此类药物属于治疗寄生虫的基本用药。
细粒棘球蚴可以导致人畜同时发病，主要寄生在狗的身上，人体接触狗后通过口腔感染此寄生虫。有些患者可以发生全身性的感染，需要口服驱虫的药物。阿苯达唑和甲苯达唑可以抑制虫体吸收葡萄糖，同时可以抑制虫体内ATP的合成，导致患者出现能量的衰竭，使虫体逐渐死亡。
局部发病的患者需要进行手术治疗，手术切除失败的患者也需要同时进行驱虫的治疗。