长疮后遗症多是治疗不得当，或者治疗不及时造成。在短时间内会有色素沉着问题出现，但大部分都不会很严重，会自然淡化，或者药物治疗之后就能够恢复。
还有部分患者是瘢痕体质，因为长疮对皮肤组织形成损伤，可能会出现瘢痕。
长疮会伴随感染、流脓等问题的出现，因此需要及时使用抗炎、抗生素药物进行治疗。经过科学化治疗之后，1周左右时间就能够康复，而且不容易留下后遗症。如出现合并感染、化脓，就可能危及患者生命。