巨脑回畸形和脑瘫的区别，在于引起疾病的时间不同、原因不同、症状及治疗目的不同：
第一，巨脑回畸形多发生于胚胎3~6个月，而脑瘫者则多为出生后以及出生前1个月内各种因素引起。
第二，巨脑回畸形是神经元移行的异常疾病，主要与宫内感染、中毒、辐射、缺氧等造成神经细胞移位引起。脑瘫则是因遗传因素或获得性的因素，包括产前、围生期及新生儿期多种因素引起，巨脑回畸形会引起脑瘫。
第三，巨脑回畸形以智力低下、癫痫发作为主要症状，以抗癫痫治疗、高压氧及肢体功能康复为主。脑瘫表现为中枢性运动障碍、姿势异常、智力低下等，治疗无有效方式，以改善姿势、逐渐恢复神经功能障碍为主要目的。