脚气起水疱可以使用抗真菌药物。如果皮损的面积较小，病情较轻，可以外用特比萘芬喷雾剂。待水泡吸收、干枯，可以外用乳膏或者霜剂，如联苯苄唑乳膏等。
如果水疱破溃，出现小的糜烂面，可以使用依沙吖啶溶液湿敷，同时外用抗真菌喷雾。而病情较严重者，可以配合口服抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊等。
另外，脚气起水泡容易引起瘙痒，注意不要搔抓，可以口服抗组胺类药物。需要强调的是，脚气用药必须坚持不中断，否则病情容易反反复复。