肛门有一侧肉肿起很疼，考虑以下情况：
1.肛周脓肿。肛周脓肿在低位发作时，最常见的症状为局部有一定肿起，并且按压时有波动感，平时可以伴随跳动样疼痛。大多由于既往肛肠疾病，或者近期生活作息不良等因素继发而来。肛周脓肿大多无法自愈，需要及时到当地正规医院进行确诊治疗。
2.外痔。当发生外痔，尤其是血栓性外痔和炎性外痔时，尤其可能出现局部组织肿起，并伴随疼痛的症状。除伴随痔疮常见的便血，以及排便不净的感觉外，肿起的颜色变化会特别明显。