隐孢子虫病感染以后要重点给予抗感染的药物治疗，抗感染治疗是整个治疗的基础，临床上常用的药物有螺旋霉素、阿奇霉素、克林霉素等药物。
在给予患者抗感染治疗的同时，给予充分的对症治疗，隐孢子虫病可以导致患者出现腹痛、腹泻的症状，患者可以出现脱水和电解质紊乱，要注意给患者补水。
有些患者可以发生贫血和低蛋白血症，要注意补血、补充蛋白质，对于免疫力低下的患者要给予增加免疫力的治疗，必要时可以给予免疫球蛋白增加患者的抵抗力，大多数患者经过积极治疗之后病情能够快速的恢复。