1.类风湿关节炎。在强直性脊柱炎早期，单纯以外周关节炎表现为主时特别需要与类风湿关节炎进行鉴别。
①强直性脊柱炎在男性多发而类风湿关节炎女性居多。
②强直性脊柱炎无一例外有骶髂关节受累，类风湿关节炎则很少有骶髂关节病变。
③强直性脊柱炎为全脊柱自下而上地受累，而类风湿关节炎只侵犯颈椎。
④外周关节炎在强直性脊柱炎为少数关节、非对称性，且以下肢关节为主，并常伴有肌腱端炎；在类风湿关节炎则为多关节、对称性和四肢大小关节均可发病。
⑤强直性脊柱炎无类风湿关节炎可见的类风湿结节。
⑥强直性脊柱炎的类风湿因子阴性，而类风湿关节炎的阳性率占60%~95%。
⑦强直性脊柱炎以HLA-B27阳性居多，而类风湿关节炎则与HLA-DR4相关。
2.痛风性关节炎。部分本病患者下肢关节炎发作持续时间较长，且有时发病期血尿酸不出现升高，此时往往需要与强直性脊柱炎引起的外周关节炎进行鉴别。此时需综合两种疾病的临床特点仔细鉴别。
3.非特异性腰背痛。此类腰背痛患者在临床上最为常见，该类疾病包括：腰肌劳损、腰肌痉挛、脊柱骨关节炎、寒冷刺激性腰痛等，此类腰痛类疾病没有强直性脊柱炎的炎性腰背痛特征，进行骶髂关节X线或CT检查以及行红细胞沉降率、C反应蛋白等相关化验容易鉴别。
4.腰椎椎间盘脱出。椎间盘脱出是引起炎性腰背痛的常见原因之一。该病限于脊柱，无疲劳感、消瘦、发热等全身表现，所有实验室检查包括血沉均正常。它和强直性脊柱炎的主要区别可通过CT、MRI或椎管造影检查得到确诊。
5.髂骨致密性骨炎。多见于青年女性，其主要表现为慢性腰骶部疼痛和发僵。临床检查除腰部肌肉紧张外无其他异常。诊断主要依靠骶髂关节前后位X线平片或CT，其典型表现为在髂骨沿骶髂关节之中下2/3部位有明显的骨硬化区，呈三角形者尖端向上，密度均匀，不侵犯骶髂关节面，无关节狭窄或糜烂，故不同于强直性脊柱炎。该病无明显坐久、卧久疼痛的特点，且接受NSAIDs治疗时不如强直性脊柱炎那样疗效明显。一些女性强直性脊柱炎早期的患者，和本病较难鉴别，骶髂关节MRI检查可能有一定帮助，但仍需综合临床情况判断，对于较难鉴别的患者建议随访观察。