舌根两侧出现疼痛的现象，有可能是舌根两侧的肌肉活动量过大，导致肌酸升高引起，大多常发生在长时间说话或者吃饭后。这种情况一般不需要特殊的治疗，减少引起肌酸增高的外界因素，大多可以自行缓解。
其次，不注意口腔卫生，长时间会引起舌根两侧的乳头充血、肿胀，与牙齿发生摩擦后，就会出现舌根两侧疼痛的现象。平时要多注意口腔卫生，早晚各刷一次牙，吃过一些辛辣、刺激的食物后要注意漱口。
此外，一些疾病的前期也会导致舌根两侧疼，比如咽炎、扁桃体炎等，需要到医院进行检查，对症治疗。