目前接种流感病毒疫苗，是当今预防流感疾病发生流行的最有效手段，当疫苗和流行病毒抗原匹配良好时，流感疫苗在小于65岁的健康人群中，可预防70%至90%的疾病发生。由于免疫系统对接种疫苗需要6到8周才起反应，所以疫苗必须在流感季节到来之前接种，最佳时间为10月中旬至11月中旬。
由于流感病毒抗原性变异较快，所以人类无法获得持久的免疫力。进行流感疫苗接种后人体可产生免疫力，但对新的变异病毒株无保护作用。因此在每年流感疫苗生产之前，都要根据当时所流行病毒的抗原变化来调整疫苗的组成，以求最大的保护效果。