肛瘘主要就是通过手术进行治疗。
如果一些年老体弱的患者不能够耐受手术，或者是存在高血压、高血糖等基础疾病，需要将血压、血糖控制在正常范围以后再进行治疗。如果肛瘘是由于炎症性肠病所引起的伴随性的疾病，比如是由于克罗恩病导致肛瘘的发生，需要积极地治疗原发的疾病，在患者的稳定期通过手术进行治疗。
如果排除不利于手术的外在因素，患者可以耐受手术，就要及早通过手术进行治疗。手术目前也多是进行根治性的手术，去除原发的感染内口，最大程度上降低术后复发的几率。另外，经括约肌间的肛瘘还可以采用LIFT的术式方式，相对肛门括约肌没有损伤。