子宫内膜异位症和卵巢囊肿不一样。如果子宫内膜异位到卵巢，它会形成卵巢巧克力囊肿，这样的囊肿它会出现痛经，并且呈逐渐加重趋势，会影响生育，所以是子宫内膜异位症引发的卵巢巧克力囊肿，这种情况只能通过手术的方式治疗。
卵巢囊肿包括卵巢巧克力囊肿，还包括其它类型的卵巢囊肿，有生理性卵巢囊肿，也有病理性卵巢囊肿，这时需要到医院做彩超和肿瘤标志物检测明确诊断。
如果有恶变倾向，无论卵巢囊肿大小，都需要通过手术方式治疗；如果是生理性、良性的可以定期复查；如果是卵巢巧克力囊肿，必须根据情况积极对症治疗。