不同表现的白塞综合症患者预后不同，多数患者病情长期处于缓解-复发交替的状态。部分患者即有效治疗后，能达到痊愈。仅表现为口腔溃疡或皮疹的患者预后较好。表现为系统受累者，如眼部，神经系统和肠道受累者，如果不积极治疗，则会导致失明，肠穿孔或死亡。所以需积极治疗，并且治疗越早，效果越好。白塞综合症的治疗以药物治疗为主，需要服用药物时间长短不一，多数病人需要长期服药治疗。
一、局部治疗。口腔溃疡可局部涂抹肾上腺皮质激素的糊膏，假性毛囊炎和生殖器局部溃疡局部涂抗生素软膏。咽炎急性发作时，用散瞳剂，即0.25%-1%的可的松滴眼，炎症严重时球结膜下注射地塞米松5毫克1-2次，可减轻炎症渗出。一般不主张用抗菌素，除非结膜和巩膜受累，此时用抗生素控制感染是必要的。
二、全身药物治疗:
1.白细胞功能抑制剂：代表药物为秋水仙碱：具有抗中性粒细胞趋化作用，也有一定的免疫调节作用。对关节炎、口腔溃疡及眼色素膜炎有效。常用剂量为0.5毫克，一日两次。
2.肾上腺皮质激素类：控制急性症状有效，但减量或停药后易复发。常用于重症患者，往往需要与免疫抑制剂或秋水仙碱联合用药。一般口服强的松30-60毫克，每天一次。对于严重眼炎，中枢神经系统病变及严重血管炎患者，可用甲强龙一日1g，三天静脉冲击，同时酌情加用免疫抑制剂治疗。
3.免疫抑制剂：主要用于眼炎，严重血管炎及主要脏器受累者。如环磷酰胺口服，每天每公斤体重2-3毫克，或每月1g静脉滴注冲击。环孢素A，一般剂量每日每公斤体重3-5毫克。此外，还有甲氨蝶呤，秋水仙碱、沙利度胺、硫唑嘌呤，环孢素。吗替麦考酚酯和抗肿瘤坏死因子拮抗剂等。
4.非甾体类抗炎药：有抗炎、镇痛及退热作用，对发热，关节炎，结节红斑有较好的疗效。
5.抗凝剂：对有血栓形成或大中动静脉血管炎者。可给予司匹林，双嘧达莫等抗凝剂或给予尿激酶，链激酶等溶栓治疗。
6.其他：如果患者有结核病或有结核病史，上述治疗效果不满意，可给予抗结核治疗。三联药物结合抗结核治疗至少观察半年。
三、手术治疗，在药物治疗之外，还可选择手术治疗或介入治疗。但都以药物治疗为基础。肠道白塞病并发肠穿孔，肠瘘时需外科手术治疗。由于溃疡跳跃分布，手术切除可能不完全，术后又复发可能。还应继续加强内科口服药物治疗。