现在做肛瘘手术，无论是肛瘘切除术还是肛瘘切开挂线术，都是采用骶管麻醉，这相当于一个局部麻醉，所以并不需要插尿管，不影响术后患者排尿。只需要患者有尿意，即可立即排尿。
但肛瘘手术会导致肛门处的剧烈疼痛，患者可能因剧烈疼痛引起肛门括约肌痉挛，而反射性引起受同源神经支配的尿道括约肌痉挛，进而产生尿潴留。
所以肛瘘术后建议患者一旦有尿意，就要立即去排尿，即使没有尿意，两个小时后也应尝试排尿。如果患者有很强的尿意，而且下腹部也胀满不适，这说明出现了尿潴留现象，应给予导尿处理。中老年男性可加用坦索洛新胶囊等治疗前列腺增生的药物以辅助治疗。