角膜基质炎的后遗症有角膜基质坏死、角膜大疱、角膜新生血管长入、角膜穿孔等。
角膜基质炎主要是角膜基质发生了非化脓性炎症，部分患者会出现眼部疼痛加重、视力下降快，甚至还会出现基质层溶解、坏死。还有部分患者，会因为该病引起角膜内皮出现严重损伤，角膜内皮会出现失代偿，造成角膜大疱。
一般角膜是没有血管的，如果基质层受损，维持角膜无血管的因素被破坏，会引起角膜缘毛细血管侵入角膜周边部。还有部分患者会因角膜基质的病灶区进一步扩大，会导致角膜变薄，引起穿孔。