肺炎衣原体一般是引起肺部炎症，大部分为轻症，发病常隐匿，没有性别差异，四季均可发病，常累及上下呼吸道，可引起咽炎，喉炎，扁桃体炎，鼻窦炎，支气管炎和肺炎。
早期表现为上呼吸道感染的症状，如乏力，头痛，咽痛，肌肉酸痛。一般症状比较轻，也可以有发热，寒战，干咳，非胸膜炎性胸痛，少数有咯血，发生咽喉炎的表现为咽喉痛，声音嘶哑，有些病人可表现为双阶段病程，开始表现为咽炎，经对症处理好转，1-3周后又出现肺炎或支气管炎，咳嗽加重，少数病人没有症状，肺炎衣原体感染时还可有伴随有肺外的表现如中耳炎，关节炎，甲状腺炎，脑炎，格林巴利综合征等，肺炎衣原体肺部感染一般没有阳性体征，少量的肺部可有湿音，如果出现中耳炎，关节炎，甲状腺炎，脑炎，格林巴利综合征等会出现相应的体征。