食管黏膜异位通俗的讲就是胃黏膜出现在了食管黏膜所在的位置，它的发病机制尚不明确。过去认为食管黏膜异位属于先天性疾病，与先天发育异常有关，认为在胚胎发育时食管表面的被覆柱状上皮由复层鳞状上皮替换，如果这个替换过程不完全可以造成胚胎性胃黏膜滞留于食管，也就是发生了食管胃黏膜异位。
食管黏膜异位应该引起高度的警惕，尤其是对于不明原因的咳嗽、咽炎、口臭、咽部异物感，声音嘶哑等临床情况，要考虑到该病的可能性，积极的予以排查，帮助患者解除忧虑，治疗疾病。
如果患者无任何症状，不影响正常生活，不予特殊治疗。如果患者有胃食管反流症状，有胃酸相关疾病出现，如食管炎、食管溃疡、消化不良等，要积极的抑酸治疗，可以得到部分症状缓解。如果胃黏膜异位合并肠化，应选择内镜下氩气刀治疗的方法。