病毒性心肌炎的诊断主要是临床诊断。
临床诊断主要是根据患者有典型的前驱感染史，之后出现病毒性心肌炎的临床表现和体征，结合心肌酶学检查，以及血液中非特异性的炎症指标升高，如血沉增快、C反应蛋白升高。以及病毒血清学检测等实验室检查，同时心电图、超声心动图、心脏磁共振显示有心肌损伤的证据，可以做出临床诊断。
病毒心肌炎的确诊，依赖于心内膜心肌活检，一般来说，心内膜心肌活检主要用于病情极重、治疗反应差、原因不明的病人，一般不用于常规的轻症病人检查。