普通肠瘘的手术费用其实并不贵。因为术中只要将肠瘘的位置定位好，就可行肠道修补术，手术的费用很少。但如果肠瘘的病情很严重，瘘口很大，需要行肠管切除及吻合术，术中耗材比较贵，花费就会很多。
治疗肠瘘费用比较多的，其实在术后。因为术后患者需要比较长时间的禁饮食，必须要给予静脉营养支持。肠瘘的患者大部分因营养差，而出现低蛋白血症，这样的患者还要输入人血白蛋白，以促进吻合口处及切口愈合，所以花费很多。
如果肠瘘术后恢复不顺利，再次发生肠瘘，花费就会更多。