发现盆腔脓肿是恶性，要根据恶性肿瘤的原发部位、肿瘤的恶性度、期别决定是先行根治性手术再配合放化疗，还是先化疗后再行肿瘤根治手术。
一般临床上发现盆腔脓肿恶性病人多处于消耗状态，一般先进行抗炎治疗，待脓肿缩小局限，体温下降至正常，控制良好的情况下再行恶性肿瘤的手术，不在急性的炎症期完成。盆腔脓肿会导致盆腔的广泛粘连，可能对恶性肿瘤周边的情况探查不清楚，从而增加术后严重全身感染的机会。
如果急诊行脓肿切除术时，术中冰冻发现恶性肿瘤，如果感染非常严重。行脓肿切除、引流，术后联合使用抗生素控制感染。当病人状态恢复后，根据病理结果再择期行恶性肿瘤根治术，或者根据病理结果先化疗再行肿瘤根治术。