卵巢囊肿的手术方式有：卵巢囊肿的剥除术、卵巢囊肿及一侧卵巢切除术、卵巢囊肿侧附件切除术，甚至是全子宫加双侧输卵管卵巢的全部切除术。
手术方式一般需要根据年龄、有没有生育要求、有没有高危因素、患者的要求等综合考虑选择哪种方式。卵巢囊肿的手术方式都可在开腹下完成或者是微创下完成。开腹下完成卵巢囊肿的手术从住院到出院时间会稍长些 ，一般需要8到10天，一般现在都很好行开腹下完成。
微创下手术一般5到7天就可以出院，单纯囊肿切除比行全部子宫及输卵管卵巢切除住院时间可以缩短些。当然如果年龄大，有并发症，住院时间就会明显延长。