窦性心律不齐并不会对人体造成危害。大多数的窦性心律不齐为生理性，多见于正常人，因此不会对人造成危害。
很多时候窦性心律不齐跟呼吸有关，多见于年轻人，在吸气的时候心率会快一些，呼气的时候心率会慢一些，而心脏的收缩和舒张功能并不会受到影响，也不会导致心输出量的下降。因此如果出现窦性心律不齐不要紧张，随着年龄的增大窦性心律不齐会逐渐消失。
即使窦性心律不齐的患者伴有器质性的心脏病，这时候对人体危害的是器质性心脏病，而不是窦性心律不齐，需要积极地治疗器质性心脏病。