引起肠炎发生的原因有很多，常见的有细菌感染、病毒感染及自身免疫出现异常导致发生的。
由细菌感染导致的就是细菌性肠炎，由病毒感染导致的就是病毒性肠炎，由自身免疫出现异常导致的是溃疡性肠炎。不同类型的肠炎是由不同原因引起的，治疗起来就要采取不同的治疗方法及药物。
细菌性肠炎要进行抗感染治疗，病毒性肠炎要抗病毒治疗，这两种肠炎治疗起来比较简单，而且会治愈。而溃疡性肠炎治疗起来，除了对症处理，只能采取改善机体免疫力等治疗，治疗非常困难，而且几乎不能将其根治，会伴随患者终生。