通常在临床上原发性膜性肾小球肾炎应与继发性膜性肾小球肾炎相鉴别。鉴别的疾病包括如下:
第一，狼疮性肾炎，该病常常多见于育龄期的年轻女性，有系统性红斑狼疮的多系统损害的临床表现，病理表现为具有增殖性病变的非典型的膜性肾病的特点，免疫荧光检查多为各种免疫球蛋白、补体成分均呈现阳性的满堂亮现象。
二，乙型肝炎病毒相关性肾炎，多见于儿童与青少年，膜性肾小球肾炎患者常常继发于乙型肝炎病毒感染，有乙型肝炎的临床表现或者有乙型肝炎病毒血清学检查的异常，病理表现为具有增殖性病变的非典型膜性肾病，在肾脏组织中能够检查出有乙型肝炎病毒抗原成分。
三，肿瘤相关性膜性肾病，多见于中老年患者，见于各种恶性实体瘤以及淋巴瘤。在病理上与原发性膜性肾小球肾炎类似，少数患者可以在确诊膜性肾小球肾炎以后2到4年才发现肿瘤。因此，要特别予以关注这类患者，要定期随访查找是否合并肿瘤。
四，药物或毒物相关性膜性肾小球肾炎，患者多伴有药物或者毒物的接触史，停用以后患者可以自发缓解。
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