虹膜囊肿的病情如果能够得到及时的控制，囊肿并没有产生严重的并发症状，一般不会出现失明的情况。大部分虹膜囊肿的治疗预后较好。
在临床上较大的虹膜囊肿主要以手术切除的治疗方式为主，具体术式根据囊肿的性质、病因等有所不同。如果能够在虹膜囊肿增大的程度不挤压前房的情况下，及时治疗并消除囊肿，没有明显的并发症状，患者的视力大多可以有效恢复。
如果囊肿未及时治疗，可能引起青光眼的继发，则病情相对棘手，会造成视力的减退。