肛门闭锁大多数是因为先天性的疾病，患儿出生就被发现先天性无肛门。这个时候应该要积极的配合医生进行治疗，而且肛门闭锁的手术成功率也是比较高的，手术是行肛门区域十字切开皮肤，将直肠拉出体外，行直肠和肛门皮肤吻合，大多数在做完手术之后半个月之内就会恢复正常。
术后最常见的问题是肛门狭窄。伤口愈合会使肛门越来越小，需要进行扩肛治疗，保持直肠及肛门通畅。扩肛手术需3-6个月，从第8日开始扩张，维持3个月，可顺利度过伤口愈合的瘢痕期，避免发生肛门狭窄。
患儿还应做排便训练，肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。应定时排便，每次彻底排空大便，扩肛与排便训练均非常重要。之后应该要多吃蔬菜水果，多喝水，按时排便。