输卵管良性肿瘤的治疗方法比较简单。在临床上治疗输卵管良性肿瘤采取手术切除，如果术后明确为良性肿瘤，不需要后续的任何治疗。
如果输卵管良性肿瘤合并炎症，可以在手术后辅助一段时间的抗炎治疗，这样可以最大程度上减轻炎性囊肿的再复发几率。
输卵肿瘤有良性和恶性的区分，在没有手术之前，没有办法做明确的诊断。在术中送标本到病理科病理判定为良恶性以后，良性进行手术治疗。如果是恶性，需要再行扩大切除术，术后还需要行化疗等治疗。