肛门狭窄术后是有可能会有后遗症。
肛门狭窄做手术后留下的后遗症，最常见的是术后出现肛周局部感染，其原因是肛门这个特殊的位置有关系。因为人体肠道内的粪便每天经过肛门排出，粪便中含有大量的细菌，很容易造成手术的创面发生感染，从而导致出现炎症，影响伤口愈合。反复的感染有可能导致术后出现瘢痕增生，导致肛门狭窄复发。此外，肛门狭窄手术后也可能会引起痔疮，因为术后会影响到肛周的动脉血管，局部的血液回流受阻，发生静脉曲张，最终诱发痔疮。
肛门狭窄术中，如果损伤了肛门括约肌，有可能引起术后肛门失禁的后遗症。