软下疳引起的并发症有炎性包茎或嵌顿性包茎、软下疳性淋巴结炎、继发性感染、尿道狭窄或尿瘘以及混合性下疳等。
当软下疳发生于包皮内，可使包皮口水肿变窄，包皮内积脓，造成包皮龟头炎。软下疳性淋巴结炎以腹股沟区较为常见，多单侧发生，逐渐扩散，后期可相互融合。少数患有软下疳的患者，可继发感染梅毒等其他一些性传播性疾病，加重疾病造成的损害，治疗较为复杂。
若软下疳侵犯尿道时，可导致尿道狭窄甚至尿瘘，当合并梅毒感染时，可出现混合性下疳。