肾积水的主要原因还是泌尿系的通道梗阻。梗阻的常见部位在肾盂输尿管的交界处。梗阻的原因比较多。可能有泌尿系结石、也可能有局部组织先天发育不良，或者是局部肿瘤性病变压迫等情况。
一般先天性原因导致肾积水的情况见于以下几种情况：第一种情况是内在性输尿管狭窄。常出现在肾盂输尿管交界处，产生不完全的梗阻情况。形成局部无弹性的狭窄区域，导致尿液蓄积，形成肾积水；第二种情况是节段性无功能。由于先天发育异常，导致局部输尿管收缩功能丧失，形成梗阻情况；第三种情况是输尿管扭曲、粘连、异常结构等导致局部梗阻、尿液潴留；第四种情况是异位血管压迫。例如马蹄肾等病变，会有异位的血管压迫输尿管导致潴留情况；第五种情况是输尿管开口过高，也可能导致局部张力增大，形成尿液潴留。
后天性原因导致的肾积水见于以下几种情况：第一种情况是炎性刺激：长期慢性炎症刺激。可能导致输尿内部形成疤痕组织，导致收缩功能异常，从而导致梗阻的现象；第二种情况是肾盂输尿管交界处如果有结石的梗阻、肿瘤、以及新生物等组织。也会导致压迫形成梗阻的情况；第三种情况是外伤因素：如果输尿管有损伤，在修复过程中，会有疤痕组织形成，也会影响输尿管的收缩功能。导致功能异常出现积水的情况。
无论哪种情况导致的肾积水。一旦发现，还是要及时的进行检查和治疗。一方面明确肾积水的原因。另一方面根据检查的情况。选择合适的手术方式，避免病情加重导致肾脏感染等情况出现。